Štrkopiesčité náplavy Dunaja v oblasti ostrovných lúčok vytvárajú rozsiahlu nádrž podzemných vôd a predstavujú významnú zásobáreň podzemnej vody. Táto voda je dynamická a predstavuje akési neviditeľné prúdiace rieky v podzemí. Pochádza v podstate z Dunaja ale je niekoľkokrát filtrovaná v štrkopieskovom podloží . Je veľmi kvalitná a čistá. A preto bol severne nad Čunovskými jazerami vybudovaný vodný zdroj pitnej vody Rusovce-Ostrovné lúčky-Mokraď (VZ ROL-M).
Tento zdroj pitnej vody predtavuje najväčší vodárenský zdroj v Bratislave a zásobuje Petržalku, Staré Mesto, Ružinov a Nové Mesto. Má zásobné kapacity pre celú Bratislavu a južnú časť Slovenska. Čerpaná podzemná voda obsahuje zvýšený obsah mangánu a je málo okysličená, a preto sa pre potrebu obyvateľstva musí upravovať priamo v horninovom prostredí dvanástich studní.
Aj samotné Čunovské jazerá vznikli vlastne zatopením bývalého štrkového bagroviska touto podzemnou vodou, ktorá sa v nich neustále obmieňa. Pred vybudovaním priehrady Gabčíkovo na Dunaji r. 1992 , boli jazerá súčasťou vodárenského ochraného pásma PHO II. A samotná voda z jazier ovplyvňovala kvalitu vody vodného zdroja.
Avšak po napustení vodného diela sa tok prúdenia podzemných vôd z oblasti Čunovských jazier zmenil a prestal ovplyvňovať VZ. Následne vodárenská spoločnosť v tom čase Vodárne a Kanalizácie Bratislava (VaKBa) požiadala o prehodnotenie ochranného pásma krajský úrad v Bratislave. Odbor životného prostredia vtedy (r.1999) vytýčil nové ochranné pásmo PHO II..
Dnes sú vody jazera vyňaté z ochranného pásma vodného zdroja. Ale to neznamená, že nie sú súčasťou ekosystému a podzemných vôd, a netreba ich chrániť. V prírode je všeto prepojené. Ľudia, ktorí navštevujú tieto krásne jazerá, by sa mali správať ohladuplne, neznečisťovať vodu a prírodu v okolí.
Medzi Rusovcami a Čunovom vedie cesta 1. triedy s názvom Balkánska. Na túto cestu sa tesne za zastavnou časťou Rusoviec napája bezmenná vedľajšia asfaltová cesta, ktorá ide cez Čunovské jazerá a končí až pri bráne BVS. Na začiatku tejto cesty bola kedysi dávno vodárenskou spoločnosťou osadená ochranná brána, ktorá zabraňovala vstupu do vodárenského pásma. Táto brána bola neskôr presunutá, ale jej pozostatky sa tam dajú pozorovať ešte aj dnes.
Na tejto vedľajšej ceste zaparkujete iba s povoleniami od MiÚ Rusovce a Rybárskeho zväzu.
Ak po tejto ceste pokračujete ďalej, dostanete sa až k rampe/závore(osadenej v roku 2008).
Tu väčšinou parkujú autá s povolením.
Kúsok za touto rampou ešte pred rokom 1999 viedla hranica pásma hygienickej ochrany II. stupňa (PHO II).
Pásmo tadiaľto už nevedie, ale ostala tu ešte spomienka v podobe starej tabule so zničeným ťažko čitateľným nápisom:
"VODNÝ ZDROJ PHO II. STUPŇA - VNÚTORNÁ ČASŤ NEPOVOLANÝM VSTUP ZAKÁZANÝ"
Hranica pásma bola v roku 1999 posunutá vyššie takmer až k Čunovským jazerám.
Kúsok naľavo od prvej rampy je potom osadená ešte jedna. Tá zabraňuje príjazdu áut lesnou cestou.
Od rampy pokračuje asfaltka ďalej cez Rusovský kanál k jazerám, už obklopená lesom.
Nová osadená tabuľka nám dáva na známosť, že sa nachádzame v chránenom areáli - zóny B - so 4. stupňom ochrany.
Je tu aj popiska aké činnosti sa tu nesmú vykonávať. Nachádzame sa v oblasti nazývanej Ostrovné lúčky.
Ako sa blížme k Čunovským jazerám narazíme ešte na jednu pamiatku síce už zarastenú, ale predsa tam ešte je.
Po roku 1999 tadiaľto viedlo vtedy nové ochranné pásmo a neskôr pravdepodobne v r.2005 tu bola presunutá brána so zákazom vstupu.
A takto v tom čase vyzerala táto brána aj s nápisom:
Vtedy tu boli osadené aj malé betónové ihlany a spolu z naválanou hlinou zabraňovali autám préjsť povedľa brány. Dnes to na tomto mieste už vyzerá úplne inak. Je to všetko zarastené vegetáciou. Z nápisov tu ostala len zošúchaná laminátová tabuľka, kedysi hlásajúca: "VSTUP LEN PRE ČLENOV RYBÁRSKEHO ZVÄZU".
Hneď kúsok odtiľto nájdeme ďalšie informačné tabule a potom už uvidíme samotné Čunovské jazerá.
Ochranné pásmo vodného zdroja II. stupňa sa v roku 2007 posunulo ďalej za Čunovské jazerá a ostalo tak až do dnes (2023). Aj asfaltka pokračuje do tohoto nového pásma. Ak po nej pokračujeme ďalej dostaneme sa až za jazerá. Nájdeme tu aj tabuľky upozorňujúce na to, že sa nachádzame v pásme hygienickej ochrany PHO II. stupňa. Takéto tabuľky sú rozmiestnené po celom území ochranného pásma a len nedávno BVS vymenila alebo upravila niektoré staršie tabuľky.
Asfaltka vedie ešte ďalej a končí až pri areáli Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS). Ďalej vás už nepustí brána, plot a zákaz vstupu.
Za plotom už je ochrana vôd s prvým stupňom.
Na starej, čiastočne vrastenej tabuľke je nápis:
Na záver by som ešte dodal, že aj keď boli obe jazerá vyňaté z ochranného pásma vodného zdroja, kúpanie je povolené len na malom jazere kde platí 2. stupeň ochrany prírody. Na veľkom jazere platí 4. stupeň ochrany prírody so zákazom pohybu mimo vyznačených ciest a tie nevedú k jazeru.
Pred rokom 1999 sa Čunovské jazerá nachádzali v rozsiahlom pásme ochrany vodného zdroja.
Toto PHO 2 pásmo vtedy zahŕňalo dokonca aj Rusovské jazero a Veľký Zemník.
V roku 1999 bolo PHO 2 pásmo značne oklieštené ale Čunovské jazerá v ňom stále ešte ostali.
Nakoniec boli vyňaté z pásma ochrany vodného zdroja až v roku 2007.
Pásmo ochrany PHO1 zahŕňa priamo územie zdroja podzemnej vody - studne.