Pred rokom 1999 sa Čunovské jazerá nachádzali v rozsiahlom pásme ochrany vodného zdroja.
Toto PHO 2 pásmo vtedy zahŕňalo dokonca aj Rusovské jazero a Veľký Zemník.
V roku 1999 bolo PHO 2 pásmo značne oklieštené ale Čunovské jazerá v ňom stále ešte ostali.
Nakoniec boli vyňaté z pásma ochrany vodného zdroja až v roku 2007.
Pásmo ochrany PHO1 zahŕňa priamo územie zdroja podzemnej vody - studne.